La ciudadela se divide en tres zonas, en este caso conoceremos la Sur que es la principal zona turística ya que allí se encuentra la Mezquita de Mohamed Ali, construida desde 1830 a 1848, allí descansan los restos de Mohammed Alí, en una tumba de mármol que se encuentra a la derecha.

Además podrá conocer un reloj que se ubica en el patio central, regalo del rey Luis Felipe de Francia, como agradecimiento del obelisco construido en la Plaza de la Concordia de París. En la zona sur se encuentra además la Mezquita de An-Nasir Mohamed, construida en 1318 y es el único monumento de estilo mameluco que hay en la Ciudadela.

La decoración interior es muy poca a diferencia del resto de las mezquitas de Egipto ya que el sultán Selim I se encargó de hacerla desaparecer, sin embargo aun quedan minaretes y cubiertos de baldosas realmente muy interesantes.