Tras su paso por Ughanda, el Nilo se adentra en Sudán, en esta zona, entra en los aguazules donde se dispersa en una serie de canales y ramales, lo que produce que en muchas partes se lo confunda con un pastizal fangoso y repleto de jacintos de agua y plantas de papiro, donde vive una gran diversidad de animales autóctonos de la zona entre los que se destacan, cocodrilos, hipopótamos y antílopes,  debido a que en este sector, gran parte de las aguas del río se evaporan debido a las altas temperaturas.

 
A la altura de Malakai, el rio entra a fluir en un cauce delimitado por muchos kilómetros, por lo que en esa zona se producen muchísimas inundaciones y desastres naturales en las épocas de lluvias. A partir de este punto va recogiendo el caudal de otros pequeños ríos como en rio de las Gacelas, el de las Jirafas y el de las montañas, engrosando su caudal en gran manera, pasando por la sabana africana, llegando hasta Khartoum, donde se une con el Nilo Azul.

En esta árida zona, se puede observar claramente como el rio favorece a la vida, ya que se pueden encontrar muchos poblados en sus orillas que gracias a su agua, pueden sobrevivir en un clima tan ostíl como lo es el del desierto.